누리온 LS-DYNA 사용자 지침서(2020.02)

본 문서는 누리온 시스템에서 LS-DYNA 소프트웨어 사용을 위한 기초적인 정보를 제공하고 있습니다.  

따라서, LS-DYNA 소프트웨어 사용법 및 누리온/리눅스 사용법 등은 포함되어 있지 않습니다.  

누리온/리눅스 사용법에 대한 정보는 KISTI 홈페이지 (https://www.ksc.re.kr)의 기술지원 > 지침서 내 누리온 사용자 지침서 등을 참고하시기 바랍니다.  

 

1. 사용 정책 

 - 사용자별 최대 40개 CPU 코어 수행 가능합니다.

 - 한정된 라이선스를 슈퍼컴 사용자들이 함께 사용하므로, 사용정책 기준을 초과하여 사용할 경우 해당 작업은 관리자가 강제 종료 합니다.

 - 부득이하게 많은 라이선스가 필요할 경우, KISTI 홈페이지(https://www.ksc.re.kr)를 통해 사전에 관리자와 협의해야 합니다. 

 - 작업 제출 전 "lic_check" 명령 에서 메뉴 선택을 통해 라이선스 상태를 확인 한 다음 작업을 제출하시기 바랍니다.

 - 누리온시스템 로그인 노드의 과부하 방지를 위해 pre/post 작업은 허가하지 않습니다. 

 - 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

에는 작업제출 스크립트에 "

#PBS -A lsdyna" 옵션을 사용해야 합니다.

 

2. 소프트웨어 설치 정보

(1) 설치 버전 

 - LSDYNA R11.1.0(smp, mpp), R10.1.0(smp, mpp), R9.2.0(smp, mpp), R9.1.0(smp, mpp)

 

(2) 설치 위치 

 -  /apps/commercial/LSDYNA

 

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 실행 방법 설명 및 실행 예시

- 실행 명령 및 옵션

 : 옵션 대소문자 및 위치 구분 없음. 해당 옵션 사용하지 않을 경우 default값으로 출력됨

 

 (Options = Input file specification, Output file specification, Extra option)

 

[ls-dyna 명령어] [option]

※ ls-dyna 명령어는 (2)실행 예제 및 관련 표를 참고하시고,  option에 대한 정보는 아래 표를 참고하여 사용하시길 바랍니다.

 

구분	option	설명
Input file specification	i=inf	input file
	m=sif	stress initialization file
	I=isf2	interface segment save file to be used
	t=tpf	optional temperature file
Output file specification	o=otf	high speed printer file (default=d3hsp)
	g=ptf	binary plot file for graphics (default=d3plot)
	d=dpf	dump file for restarting (default=d3dump)
	f=thf	binary plot file for time histories (default=d3thdt)
	u=xtf	binary plot file for time extra data (default=xtfile)
	a=rrd	restart dump file (default=runrsf)
	s=iff	interface force file
	z=isf1	interface segment save file to be created
	b=rlf	binary plot file for dynamic relaxation (default=d3rfl)
	bem=bof	calculated acoustic output file
	d3prop=d3prop	output property data
Extra Option	x=scl	scale factor for binary file size (default=7)
	c=cpu	cpu time limit (in seconds)
	memory=Nwds	number of words to be allocated
	memory2=Nwds2	number of words to be allocated in each processor (extra option for mpp)
	ncpu=Ncpu	maximum number of cpus to be used
	parn=npara	flag for parallel force assembly
	endtime=time	termination time
	ncycle=ncycle	termination cycle
	jobid=job_name	character string which acts as a prefix for all output files

 

(2) 실행 예제

 1) SMP 버전 실행 예시

 - input file 명 : airbag_deploy.k

 - 사용 CPU 수 : 4개

 - 사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)

 - Output files

  : information outputs :d3hsp, messag, status.out 

  : binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01 - d3dump##, 

  : ascii outputs : abstat, glstat, matsum, rcforc, rwforc, etc.

 

 - 실행 예제

$ [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m ncpu=4

 ※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

 

버전	type	LS-DYNA 명령어 위치 및 파일명
R11.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R11.1.0/ls-dyna_smp_s_R11_1_0_x64_redhat65_ifort160_sse2
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R11.1.0/ls-dyna_smp_d_R11_1_0_x64_redhat65_ifort160_sse2
R10.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_d_r1010_x64_redhat5_ifort160
R9.2.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.2/ls-dyna_smp_s_r920_x64_redhat59_ifort160
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.2/ls-dyna_smp_d_r920_x64_redhat59_ifort160
R9.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.1.0/ls-dyna_smp_s_r910_x64_redhat56_ifort131
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/SMP/R9.1.0/ls-dyna_smp_d_r910_x64_redhat56_ifort131

 

2) MPP 버전 실행 예시

 - input file 명 : airbag_deploy.k

 - 사용 CPU 수 : 4개

 - 사용메모리 양 : 400MB (100MB X 4)

 - Output files

  : Information outputs : d3hsp, mes0000 - mes0003, status.out, adptmp, scr0000 - scr0003

  : Binary outputs : d3plot - d3plot##, d3dump01.0000 - d3dump##.0003, d3full01 - d3full##

  : Binary database (smp의 ascii output에 해당) : binout0000

 

  : Ascii ouput extractions from binary database : l2a binout* 실행 

 

 - 실행 예제

$ mpirun -np 4 [LS-DYNA 명령어] i=airbag.deploy.k memory=100m memory2=20m -procs 4

 ※ 사용가능한 LS-DYNA 명령어는 아래 표를 참고하여 선택한다.

 

 

버전	type	LS-DYNA 명령어 위치 및 파일명
R11.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R11.1.0/ls-dyna_mpp_s_R11_1_0_x64_centos54_ifort160_sse2_platformmpi
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R11.1.0/ls-dyna_mpp_d_R11_1_0_x64_centos54_ifort160_sse2_platformmpi
R10.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_d_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi
R9.2.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.2.0/ls-dyna_mpp_s_r9_2_119543_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.2.0/ls-dyna_mpp_d_r9_2_119543_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi
R9.1.0	Single Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.1.0/ls-dyna_mpp_s_r9_1_113698_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi
	Double Precision	/apps/commercial/LSDYNA/MPP/R9.1.0/ls-dyna_mpp_d_r9_1_113698_x64_redhat54_ifort131_sse2_platformmpi

 

(3) 실행 방법

 - Interactive 방식의 실행은 CPU time이 10분으로 제한되어 있습니다.

 - 장시간의 계산 작업은 PBS 라는 스케줄러를 이용하여 작업을 제출해야 합니다.

 - 작업 제출 전 "lic_check" 명령을 실행하여 라이선스 상태를 확인 후 작업을 제출하시기 바랍니다.

 

(4) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

 누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS 라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다. 

 

 누리온 시스템에서 PBS 를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다. 

  - 예제 파일 :  /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_smp.sh (단일 노드에서 수행)  

 

 

                    /apps/commercial/test_samples/LSDYNA/lsdyna_mpp.sh (멀티 노드에서 수행)   

 

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (단일 노드에서 수행)

#!/bin/sh #PBS -V #PBS -N lsdyna_job #PBS -q commercial #PBS -l select=1:ncpus=40:mpiprocs=1:ompthreads=40 #PBS -l walltime=04:00:00 #PBS -A lsdyna   cd $PBS_O_WORKDIR   module load lsdyna/smp     /apps/commercial/LSDYNA/SMP/R10.1.0/ls-dyna_smp_s_r1010_x64_redhat5_ifort160 \ i=airbag.deploy.k memory=1000m ncpu=$NCPUS

- 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

- 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

 부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 LS-DYNA에 대한 예제입니다. (멀티 노드에서 수행)

 

 

#!/bin/sh #PBS -V #PBS -N lsdyna_job #PBS -q commercial #PBS -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1 #PBS -l walltime=04:00:00 #PBS -A lsdyna   cd $PBS_O_WORKDIR   module load lsdyna/mpp   mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE \ /apps/commercial/LSDYNA/MPP/R10.1.0/ls-dyna_mpp_s_r10_1_123355_x64_redhat54_ifort160_sse2_platformmpi \ i=airbag.deploy.k memory=1000m

 - 위에서 파란색으로 표기된 부분은 사용자가 적절히 수정해야 합니다.

 - 2019년 3월 PM 이후

(3월14일)

 부터는 "#PBS -A lsdyna" 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

 - 작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.

 - 사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.

 - 스크래치 디스크는 작업 종료 후 일정 시간(2020년 2월 현재 정책: 15일)이 지나면 삭제되기 때문에, 작업이 완료 된경우 빠른 시일 내에 백업하시길 권장합니다. 

 

 - 기타 PBS에 관련된 명령어 및 사용법은 누리온 사용자 지침서를 참조하시면 됩니다.

 

(5) 작업 제출 방법

 - 예제 : 스크립트 파일 이름이 lsdyna.sh 인 경우

$ qsub lsdyna.sh

 

(6) 작업 상태 확인

$ qstat (또는 qstat -u $USER)

 

(7) 제출된 작업을 강제로 종료

 - 사용 방법 : qdel 

 - 작업ID는 qstat 명령어 실행 시 제일 왼쪽에 표시 되는 정보입니다.(ex. 1771476.pbs)

 - 예제 : 작업ID 가 1771476.pbs 인 경우

$ qdel 1771476.pbs

 

(8) PBS 상에서 사용 가능한 자원 확인

$ pbs_status