뉴론 Quantum Espresso-6.6 (GPU 버전) 설치

KISTI 슈퍼컴퓨터센터의 뉴론 시스템에 qe-6.6 버전을 설치하는 방법에 대하여 소개한다.

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론
OS Version	리눅스 / CentOS 7.4
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
컴파일러	PGI 2019 Version
MPI	Openmpi 3.1.0 Version
기타	CUDA 10.0

 

2. 설치 전 환경 설정

KISTI 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 OpenSource 인 Environment Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고, 이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load pgi/19.1 cuda/10.0 cudampi/openmpi-3.1.0

3. 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고, 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.

 (다운로드 : https://gitlab.com/QEF/q-e-gpu/-/releases)

설치과정
$ tar xvf q-e-gpu-qe-gpu-6.6a2.tar.gz $ cd q-e-gpu-qe-gpu-6.6a2 $ export F90FLAGS="-fast -Ktrap=fp -Mcache_align -Mpreprocess -Mlarge_arrays -mp -tp=px" $ export FFLAGS="-fast -Ktrap=fp -mp -tp=px" $ ./configure --prefix=$/QE/6.6 \ --with-cuda=/apps/cuda/10.0 --with-cuda-cc=70 --with-cuda-runtime=10.0 --enable-openmp $  vi make.inc -----아래 내용으로 수정----- CFLAGS         = -fast -tp=px -Mpreprocess $(DFLAGS) $(IFLAGS) FOX_FLAGS = -fast -tp=px -Mcache_align -Mpreprocess -Mlarge_arrays $ make pw

 

 

 

4. 뉴론에서 QE 사용을 위한 SLURM 작업 스크립트 예제

 위의 과정을 거처 설치된 QE는 뉴론 환경에서 다음과 같이 실행이 가능하다.

 뉴론에서 작업을 제출하기 위해서는 SLURM 작업 스크립트를 사용하여야 한다.

 (작업 스크립트 예제 경로: /apps/applications/test_samples/QE/)

작업스크립트 예제(qe_job.sh)
#!/bin/sh #SBATCH -J "QE-GPU" #SBATCH -p cas_v100_2 #SBATCH -N 1 #SBATCH -n 20 #SBATCH -o %x_%j.out  #SBATCH -e %x_%j.err #SBATCH -t 02:30:00 #SBATCH --gres=gpu:2 #SBATCH --comment qe ulimit -a unlimited export NO_STOP_MESSAGE=yes ## Setting for gpu acceleration off #### export USEGPU=no # QE run parameters NGPU=2 NPOOL=1 # Node-specific parameters GPU_PER_SOCKET=1 CORES_PER_SOCKET=10 NCORE_PER_RANK=$((${CORES_PER_SOCKET}/${GPU_PER_SOCKET})) export OMP_NUM_THREADS=${NCORE_PER_RANK} export MKL_NUM_THREADS=${NCORE_PER_RANK} srun --cpu_bind=none -n ${NGPU} -c ${CORES_PER_SOCKET} pw.x -input ./pw.in -npool ${NPOOL}