뉴론 GROMACS-2018.6 (GPU 버전) 설치

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터의 누리온 시스템에 gromacs-2018.6 Source 버전으로 설치 하는 방법에 대하여 소개 한다.

1. 설치 환경

구분	내용
대상 시스템	뉴론 (GPU Cluster System)
OS Version	리눅스 / CentOS 7.4
CPU	Intel Xeon E5-2670 v2
GPU	NVIDIA Tesla V100
컴파일러	Intel 2018.2 Version
MPI	mvapich2 2.3
기타	Intel MKL Math Library CUDA 10.0

2. 설치 전 환경 설정

  누리온 시스템은 PATH, LD_LIBRARY_PATH 등을 쉽게 하기 위하여 

  환경설정 툴인 Modules(http://modules.sourceforge.net)이 구성되어 있고,

  이하 설치 소개 에서는 module load를 이용한 환경 설정 방법을 이용한다.

[ 환경 설정 ]

$ module load intel/18.0.2 cuda/10.0 cudampi/mvapich2-2.3 cmake/3.12.3

3. gromacs-2018.6 버전 설치 과정

 설치 과정 소개는 tar 를 이용한 압축 해제 방법과 설정 방법등 진행 절차를 위주로 설명하고,

 소스 파일 다운로드 등은 생략한다.  

설치 과정

$ export CC=mpicc  $ export CXX=mpicxx  $ tar xvzf gromacs-2018.6.tar.gz $ cd gromacs-2018.6 $ mkdir build $ cd build $ cmake -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON  \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6 \ -DGMX_HWLOC=OFF \ ..  $ make  $ make install

※ "-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${HOME}/GROMACS/2018.6"는 예시로 설치 희망하는 디렉토리로 명시한다.